Pese al grave daño que se genera al medio ambiente, la contaminación resulta imparable, aguas negras y desechos plásticos son los que sin ningún remordimiento arrojan las personas a distintos afluentes.
Ejemplo de ello es el arroyo Nexmegata el cual atraviesa Villa Cuichapa, que desde distintos puntos existen descargas de aguas negras, por si fuera poco vecinos arrojan basura e incluso bolsas que contienen animales muertos.
La descarga de este afluente termina en la laguna Mezcalapa, generando una importante contaminación al lugar en donde se realiza la pesca.
Pese a este problema no se ha encontrado solución, ya que mientras se manifestaba ante autoridades superiores que Villa Cuichapa contaba con dos plantas tratadoras de aguas residuales, lo cual ha resultado falso, la ciudadanía sigue contribuyendo para aumenta la contaminación al arrojar desechos.
Los exhortos son muchos de parte de las autoridades para contribuir a frenar los niveles de contaminación, sin embargo el asunto no es tomado con la seriedad debida.